La Biblioteca trova origini dalla raccolta libraria che si costituì e si accrebbe in seno al Collegio dei Gesuiti (1621 - 1773). Con la restaurazione asburgica divenne una delle sei biblioteche degli studi della Monarchia asburgica (1822) e fu aperta al pubblico nel 1825, conservando sino al 1914 il nome e le funzioni di Biblioteca regionale del Litorale (Venezia Giulia). Nel 1967 la biblioteca ha assunto la denominazione di Statale Isontina con nuovi e più importanti compiti culturali, come testimoniano sia il rapido incremento avuto nel periodo più recente nel patrimonio librario (403.639 al 30 giugno 2015) e nel numero di frequentatori, sia la sua significativa presenza in ambito cittadino (conferenze, lezioni, mostre bibliografiche e d'arte). Dal punto di vista storico - artistico Palazzo Werdenberg, sede della Biblioteca, si colloca tra gli edifici di carattere monumentale. La sua storia si lega a quella dei Gesuiti, la cui presenza a Gorizia era stata chiesta, come in molti centri dell’impero asburgico (Graz, Lubiana). Il loro insediamento a Gorizia nel 1615, fu reso possibile grazie alla donazione da parte del barone Vito Dornberg, della Chiesa di San Giovanni, con annessa casa, nell'omonima via. Nel 1629 il barone Verda von Werdenberg destinò un suo edificio sempre in via San Giovanni per l'adattamento a Seminario. Poiché la casa era troppo distante dal collegio, fu comprata nel 1634, sempre con un finanziamento del barone de Werdenberg, una casa più vicina dal nobile Ambrogio Sembler. L'intera struttura fu quasi interamente rifatta, aumentata con l'aggiunta degli edifici attigui e arrivò a completamento nel 1649. Nel marzo 1995 è stato portato a termine il massiccio ciclo di interventi edilizi e impiantistici iniziati alla fine del 1988, adeguandolo alle funzioni di una moderna Biblioteca, con l'incremento degli spazi e con l'apertura di nuovi servizi.
